提速近10倍!基于深度学习的全基因组选择新方法来了******
近日,中国农业科学院作物科学研究所、三亚南繁研究院大数据智能设计育种创新团队联合多家单位提出利用植物海量多组学数据进行全基因组预测的深度学习方法, 可以实现育种大数据的高效整合与利用,将助力深度学习在全基因组选择中的应用,为智能设计育种及平台构建提供有效工具。相关研究成果发表在《分子植物(Molecular Plant)》上。
全基因组选择作为新一代育种技术,通过构建预测模型,根据基因组估计育种值进行早期个体的预测和选择,从而缩短育种世代间隔,加快育种进程,节约成本,推动现代育种向精准化和高效化方向发展。
统计模型作为全基因组选择的核心,极大地影响了全基因组预测的准确度和效率。传统预测方法基于线性回归模型,难以捕捉基因型和表型间的复杂关系。
相较于传统模型,非线性模型(如深度网络神经)具备分析复杂非加性效应的能力,人工智能和深度学习算法为解决大数据分析和高性能并行运算等难题提供了新的契机,深度学习算法的优化将会提高全基因组选择的预测能力。
该研究团队以玉米、小麦和番茄3种作物的4种不同维度的群体数据为测试材料,通过创新深度学习算法框架开发了全基因组选择新方法。
与其他五种主流预测方法相比,该方法有以下优点: 可以利用多组学数据开展全基因组预测;算法设计中包含批归一化层、回调函数和校正线性激活函数等结构,可以有效降低模型错误率,提高运行速度;预测精度稳健,在小型数据集上的表现与目前主流预测模型相当,在大规模数据集上预测优势更加明显;计算时间与传统方法相近,比已有深度学习方法提速近10倍;超参数调整对用户更加友好。
该研究得到了国家重点研发计划、国家自然科学基金、海南崖州湾种子实验室和中国农业科学院科技创新工程等项目的支持。
学术支持
中国农业科学院作物科学研究所
记者
宋雅娟
第二十九届台胞青年冬令营开营 台青迎新春话团圆******
中新社北京1月13日电 (朱贺)2023年全国台联第二十九届台胞青年冬令营开营式13日在北京举行。冬令营为期两个月,约500位台青将在感受冰雪世界、走进小桥流水中饱览人文历史,了解发展成就。
全国台联党组书记、副会长纪斌表示,全国台联以线上线下相结合的方式举办本届台胞青年冬令营,主体内容分为开营式、“台胞过大年”联谊活动、地方特色分营、短视频作品展示等四个板块,将组织开展以两岸融合发展、生态文明建设、中华优秀传统文化为主题的线下分营活动,以吸引更多台湾青年投身促进两岸关系和平发展、融合发展的大潮。
台湾中华青年发展联合会理事长王正呼吁台湾学子正确看待两岸关系和台湾历史,多角度、全方位综合了解大陆。北京大学体育教研部台湾教师陈文成则希望,未来举办更多两岸民众喜闻乐见的体育交流项目,共同弘扬中华体育精神。
全国台联联络部部长任挥接受中新社采访时表示,本届冬令营围绕新春、团圆等主题,扩展到大陆各地举行。经过数十年积淀,冬令营在台胞青年中的影响力越来越大,冀通过活动为台胞青年打造交流平台,为台青来大陆创业就业、寻求发展提供更多服务与帮助。
“正值春节前夕,大家因为冬令营聚集在一起,感到非常激动。”台湾中华青年发展联合会文宣部部长刘志一受访表示,期待更多青年透过活动感受大陆的壮丽山川及日新月异的变化。
开营式现场,与会嘉宾以“云授旗”方式向参与举办冬令营活动的大陆各地分营及台北、高雄、澳门分营授营旗,共同启动开营仪式。
全国台联台胞青年冬令营自1989年以来已成功举办28届,共有约7000位台胞青年参与。(完)
(文图:赵筱尘 巫邓炎) [责编:天天中] 阅读剩余全文() ![]() 永利彩票地图 |